融合生物学と計算機科学？

ヒトゲノム解析プロジェクトに関する2つのゲノム自然の中で遺伝学のfuture about自分の考えを掲載した一流の専門家の、ケーブルウエストグループの回顧展が、一人の聴聞は、IBMアカデミーは目標や課題のsimple洗濯リストには彼の編集の重要な部分をささげるWhen彼フィールド。代わりにとJ.クレイグベンターでピッチに一見そう群衆にと呼ばれる遺伝の謎：コンピュータ科学を解明に役立ちます。彼は、迅速かつスーパーコンピュータとデータDNAとRNAのシーケンスを計算処理アプリケーションを風にできるよう望んでいる安価典型的なゲノムのヌクレオチド数十億を分析し、専門家にツールを、彼らが収集されるデータの海を移動する与える。適切な技術では、ベンター氏は、生物学者が薬をパーソナライズ、潜在的な新しい癌治療を見つけるには、助けることができると私たちの複雑な表現に新たな基本的な洞察を発見すると言います。

最初は、それはベンターシーケンスにスーパーコンピュータ我々としてゲノムは、求めているÄôre常に犯罪捜査のDNAテストについて聞いて奇妙に思えるが、あまりにも多いので、テレビで865法医学ショーのほとんどすべて1つのことに言及し、少なくとも2エピソード1。しかし、DNA分析は、本格的な遺伝子プロジェクトをシーケンス犯罪者を捕まえるために使用さは非常に異なっています。法医学DNA解析、またはマーカーの小さなセットを300万塩基のSTRsと呼ばれる追跡ので、別のから1個を分離し、焦点を当てしているかどうか、この遺伝的データは容疑者のことを一致比較します。それは正確に識別するand特別なソフトウェアと包括的なマップに組み立てられる約900塩基の鎖のourのDNAの3000000000ヌクレオチドのevery 1を記録しようとするとbecause科学ゲノム配列は非常に異なります。タスクは、約1000倍とはるかに複雑大きく、ちょうど、IBMアカデミー十分なすべてのACTGsのISNの順序を知ってからです。様々な遺伝子を識別している重要なことは、何を行う方法。そして、そのためには、を介して解析する技術の種類を必要とし、データの急流を追跡する。

残念なことに生物学のため、現代のスーパーコンピュータは、数週間情報個人医療と踏み込んさらに、人間の表現に必要なの種類を生成するためにも最高の品質ゲノムデータを並べ替えるにかかるだろう。これはなぜベンター社長は、コンピュータexaflop、または1秒間に10の18乗の浮動小数点演算の速度で実行できる求めている。今日の大半は、ケーブルウエストグループのスーパーコンピュータは、このマシンは数日以内に生ゲノムデータの広範な解析を実行できるようにすべき約1000倍の速されています。うまくいけば、今の規模と、複数のマシンでは、数十年の将来の経済から、すべての患者は、彼女が将来的に直面するかもしれないどのような健康上のリスクの考え方を、彼女と彼女の医者を与えるだろう詳細な遺伝子解析を持っている余裕がある。同様に、個人だけで年間に処理数千からのデータが研究者に人間の進化と機能ゲノム科学に新しい洞察力を与えることがあります。そして、このために、コンピュータ科学者や生物学者は互いからかなりを学ぶために、一緒に両方の生物学、スーパーコンピューティングの出血エッジで作業しているが発生する。